國中小的自然課用過複式顯微鏡，透過光圈聚光，及目鏡、物鏡的放大，仔細的觀察細胞，隨著科技的進步，顯微鏡也可以應用在牙科治療上，且技術漸趨成熟，但顯微鏡的使用需要專科醫師訓練執行，因此患者若要顯微鏡治療的療程，需要專業醫師與專業設備的診所。

一、根管治療：
顯微鏡在牙科早期的牙科療程就是根管治療，由於根管系統複雜，可能遇到鈣化牙髓腔、C型根管、找不到根管入口、複雜且精細的根尖手術、或者療程中器械斷裂，因醫師的肉眼視野有限，因此以上狀況皆能仰賴高倍率牙科顯微鏡的輔助，更能將受感染的患部清潔乾淨，降低需要二次根管的機率。這就是所謂的顯微根管治療，不僅能將根管內的病灶清除的更乾淨解決牙痛看不好的困擾，更能提高自然牙留下的機率。

二、牙周病治療
嚴重牙周病需要進行牙根清除或牙周再生的手術，且可能面臨上顎竇骨質填充及修復的療程，若需進行牙根覆蓋及補牙肉的軟組織移植，透過顯微鏡放大視野，可以讓手術減少組織破壞，傷口較小，癒合結果也較快速，也能減少術後的不適感。

三、假牙贋復：
贋復物與自然牙的邊緣密合，是假牙製作的重要關鍵，若不密合的假牙可能導致細菌孳生，嚴重時也會導致牙周病的發生，國外研究證實，牙齒修容與黏著過程若能透過顯微鏡高倍率增加醫師的準確度，可在假牙上減少將近一半的失誤率，因此顯微鏡在假牙贋復的療程中已使用為常態。

四、口腔外科：
口腔外科常見的就是阻生智齒的拔除，智齒是口腔內最內部的牙齒，下顎舌側及第一大臼齒第二大臼齒有許多的顏面神經分布，因此拔除智齒常見的後遺症就是神經麻痺，透過顯微鏡醫師可較清楚的避開神經及血管，且口腔相關的腫瘤組織，也需要較精細的手術移除，牙科顯微鏡就顯得相對的重要。

牙科顯微鏡相對於醫師的肉眼診斷，不僅光線照明足夠，也能有25倍左右的放大倍率，一顆小小的牙齒，肉眼極難發覺病癥時就需要透過顯微鏡的輔助，改善傳統治療無法看到的盲區，後也多用於牙周及牙科美學的療程，精細縝密的治療，不僅能確實的找出問題點所在，也能破壞相對較少的牙組織，傷口復原也相對的快速。